Berebeda dari trilogy Phoenix Wright yang lebih ringan dan penuh komedi, trilogy apollo ini menghadirkan story yang lebih berat dan kompleks. Di Apollo Justice: Ace Attorney, kasus atau permasalahan utama kita adalah jatuhnya reputasi Phoenix Wright hingga jatuhnya sistem hukum dimana pemalsuan bukti dan penghianatan jaksa terjadi. Lanjut ke Dual Destinies, cerita kita berkembang dengan diperkenalkannya krisis bernama “Dark Age of The Law”, karakter baru bernama Athena Cykes pun mulai di kenalkan disini. Kemudian di Sprites of Justice, cerita cukup berpindah drastic dimana Phoenix Wright terlibat kasus international di negeri Khura’in, sebuah kerajaan yang mengandalkan dukun untuk menentukan hukum.