Cerita The Scorch Trials bisa dibilang berbeda jauh dengan adaptasi filmnya. Di sini diceritakan bahwa mereka sedang menjalani Percobaan Tahap Kedua, yaitu menyebrangi Scorch untuk sampai ke pegunungan Utara demi mendapatkan obat untuk penyakit Flare. Thomas dan teman-temannya berpisah dengan Teresa, karena Teresa ditukar dengan Aris dari Glader grup B yang semuanya berisikan anak perempuan. Tetapi, grup B memiliki satu tujuan lain yaitu membunuh Thomas. Di sinilah cerita mulai menarik.