Perjalanan panjang Abduh dalam gerakan pembaharuan Islam di Mesir banyak mendapat rintangan salah satunya Abduh diusir dari negerinya sendiri yaitu Mesir .Namun beberapa tahun kemudian Abduh kembali ke Mesir setelah masa pembuangan berakhir. Pasca pembuangan Abduh berakhir dan kembali pulang ke Mesir tahun 1888 ternyata kesan keterlibatan Muhammad Abduh dalam pemberontakan Urabi masih berkesan dihati Khedevi Taufik Pasha sebagai penguasa Mesir saat itu.
Keadaan yang demikian tersebut membuat Abduh tak lagi bisa bebas dalam meniti karir di Mesir yaitu mengajar di Dar Ulum khawatir mempengaruhi murid-muridnya. Pada masa tahun berikutnya tahun 1899 tepatnya tanggal 3 Juni Abduh diangkat menjadi mufti.Mufti, sebuah jabatan yang dianggap paling tinggi kemudian jabatan ini Ia jabat sampai Ia meninggal dunia tahun 1905. Jabatan Mufti ini pula menjadi tempat untuk merealisasikan cita- citanya selama ini.
  Â
Muhammad Abduh tidak saja menjabat sebagai mufti,melain juga sebagai hakim dikota Benha,beberapa kota diluar Kairo dan selanjutnya menjabat sebagai penasehat pada Mahkamah tinggi di Kairo. Ia diangkat sebagai Mufti 3 Juni 1899 menggantikan Syekh Hasunnah an Nawawi.
  Â
 Pada masa itu Abduh terus berusaha melakukan gerakan pembaharuan salah satunya memperbaiki pandangan masyarakat tentang mufti.Mufti ketika itu dipandang sebagai pejabat resmi hanya untuk keperluan pemerintah Mesir&penasehat hukum kepentingan negara semata.Saat itu Abduh tidak hanya bekerja fokus pada masalah negara melainkan juga memperhatikan kepentingan masyarakat yang tak luput dari perhatiannya seperti pelayanan publik pada masyarakat yang membutuhkannya.
 Â
Ketika itu Abduh bekerja dengan menegakkan kebenaran ,keadilan dan memasukkan undang undang agama dalam bekerja sebagai mufti salah satunya mengeluarkan fatwa-fatwa yang kontroversial saat seperti: menghalalkan daging yang disembelih orang Yahudi& Kristen ,halalnya bagi orang Islam menyimpan uang di kantor pos dan sejumlah fatwa lainnya.
  Â
Gerakan pembaharuan yang dilakukannya ketika Abduh menjabat sebagai mufti ini seringkali mendapat kritikan dari sebagian masyarakat kala itu ,namun tidak membuatnya patah semangat .Sisi lain dari fatwa- fatwa yang dikeluarkan Abduh ketika menjadi Mufti menunjukkan Abduh dalam mengambil keputusan tidak terikat pada pendapat ulama tertentu dan tidak terikat kepada pendapat atau pengaruh suatu mazhab .
  Â
Pembaharuan yang dilakukan Abduh saat menjabat sebagai hakim hingga mufti tersebut tak lepas dari sikap Abduh dalam berijtihad .Ijtihad Abduh dalam mengambil suatu keputusan langsung pada sumber hukum Islam : al Quran dan Sunnah .
  Â
Dengan kata lain Abduh tidak terikat pada mazhab tertentu hingga kemudian Muhammad Rasyid Ridha menyebut Abduh sebagai Mujtahid al Qadi yaitu mujtahid mandiri dalam arti Abduh dalam mengambil keputusan secara mandiri langsung pada al Qur'an dan Sunnah sebagai dasar suatu pertimbangan sebelum memutuskan suatu persoalan tanpa terikat oleh keputusan ulama tertentu.
  Â
Pada tahun 1892 Ia mendirikan organisasi sosial bernama Perserikatan amal kebajikan yang bertujuan menyantuni fakir miskin dan anak - anak yang tidak mampu .Pada masa itu secara perlahan tapi pasti Abduh mencapai puncak karir .Puncak karir Abduh diraih setelah terjun ke dunia pendidikan mengajar di al AzharÂ
   Â